在疆域辽阔的姜王朝，剑道文化传承万年，民众皆以修习剑道为荣。然而，能成功修炼至巅峰境界“剑神境”之人，却寥寥无几。十几年前，风头正盛的无极剑神被长生剑神设计重创，从此隐居山林，不问世事。如今，无极剑神唯一的弟子展一白终于成年，到了师徒俩约定的外出历练时机。 临行前，为了提高展一白的自保能力，无极剑神将贴身佩剑相赠，并嘱咐他尽快成长至剑神境。初入世俗的展一白，先后结识了王朝公主姜明月和镇南王次子李狂等人，为了尽快成长，他和伙伴们一起参加了“古王朝遗迹”试炼，开始了一段奇异之旅。
小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。 然而，让小智没有想到的是 ，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。
2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中... 封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！
