在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。 主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。 然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。 相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。 过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。 于是重新下定决心的卡夫卡，却突然受到神秘生物的侵蚀，身体开始怪兽化，被称为“怪兽8号”。
故事发生在一群被NIMH（国家智能研究中心）的小老鼠身上，人们利用这些老鼠进行智力开发之类的实验。实验进展得很顺利，老鼠们都有了类似人类的智商，于是他们计划出逃，但是在此过程中一位勇敢的老鼠牺牲了......不过本片的故事讲的并不是这个，而是那位英雄老鼠的妻子如何不畏危险保护自己孩子的故事。 家里的小老鼠生了重病，鼠妈妈想办法医好自己的孩子，在途中偶遇了善良的乌鸦，又差点被坏猫吃了。终于经过一番冒险她成功的将药带回了家，但是她的冒险结束了吗？她的孩子真的得救了吗？
